定义在澳大利亚流传的主要 Clostridioides difficile 核型的遗传学和抗体
Keeley O'Grady1, Stacey Hong2, Papanin Putsathit3
1Centre for Biosecurity and One Health, Harry Butler Institute, Murdoch University, Murdoch, Western Australia, Australia.
基因组数据显示,澳大利亚的Clostridioides difficile感染 (CDI) 是由多种菌株驱动的,而不是克隆爆发. 发现了有限的抗菌素耐药性 (AMR),大多数耐药性是表型的,而不是基因型的. 社区来源可能是CDI的燃料,需要一种"健康"的方法.
科学领域:
- 基因组学和流行病学
- 微生物学 微生物学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 困难菌感染 (CDI) 是一个全球性的健康问题.
- 了解菌株演变和流行病学对于开发新的CDI治疗方法至关重要.
- 澳大利亚最常见的CDI菌株是核型 (RTs) 014/020,002和056.
研究的目的:
- 提供澳大利亚C.C.的纵向基因组数据. 困难的菌株.艰难的菌株.
- 在关键RT中分析菌株多样性,传播动态和抗菌素耐药性 (AMR).
- 调查澳大利亚CDI的进化和流行病学驱动因素.
主要方法:
- 282 C. 的全基因组测序 从RTs 014/020,002和056.056中分离出困难的分离物.
- 核心基因组单核酸多态性 (cgSNP) 分析以评估遗传多样性和传播.
- 抗微生物耐药性 (AMR) 的基因型和表型评估.
主要成果:
- 从基因型来看,AMR不常见,在RT014/020和RT056的<10%中发现了耐药性等位基因,而在RT002.2中没有任何抗药性.
- 在体外MLSB耐药性 (~90%) 和基因型耐药性 (<6%) 之间观察到显著差异.
- 在RT中显而易见的高遗传异质性和有限的克隆传播 (19个克隆组被确定),表明不同的社区来源而不是医疗保健爆发.
结论:
- 主要的是C.C. 澳大利亚的艰难血统表现出显著的遗传多样性和有限的克隆传播.
- 这些发现挑战了在全国范围内推动CDI的广泛克隆传播的概念.
- 公共卫生策略应纳入"一个健康"的方法,解决社区和环境储水池,以有效打击CDI.
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