ARTseq-FISH揭示了微模式mESCs基因表达的位置依赖差异
Xinyu Hu1,2, Bob van Sluijs1, Óscar García-Blay1,2
1Institute for Molecules and Materials, Radboud University, Heyendaalseweg 135, 6525 AJ, Nijmegen, the Netherlands.
Nature communications
|May 9, 2024
概括
细胞在微模式上的位置会影响基因表达. 新的ARTseq-FISH方法揭示了早期的mRNA和蛋白质变化,影响干细胞分化期间的细胞命运决定.
科学领域:
- 干细胞生物学 干细胞生物学
- 发育生物学是发展生物学.
- 分子细胞生物学分子细胞生物学
背景情况:
- 细胞命运决定受到异质基因表达的影响.
- 微模式局部化对早期基因表达变化 (mRNA,蛋白质,蛋白) 的影响尚不清楚.
研究的目的:
- 为了研究细胞在微型模式上的位置如何影响基因表达.
- 开发一种方法,在单细胞中同时对mRNA,蛋白质和蛋白进行分析.
主要方法:
- 开发了一种可扩展的抗体和mRNA针对顺序光在位杂交 (ARTseq-FISH) 方法.
- 在鼠标胚胎干细胞 (mESCs) 中研究了67个 (基蛋白) 蛋白和mRNA点.
- 使用常规的免疫光学和时间缩短显微镜进行确认.
主要成果:
- ARTseq-FISH检测出mRNA和 () 蛋白的丰度和局部变化,在多能性出现后48小时内发生变化.
- 与中心细胞相比,靠近微模式边缘的细胞表现出增加的增殖.
- 在mRNA和蛋白质水平的位置依赖差异早在LIF停止后12小时就出现了.
结论:
- 微模式局部化诱导了早期干细胞分化中的位置依赖的基因表达变化.
- ARTseq-FISH是研究基因表达中的单细胞异质性的强大工具.
- 空间基因表达差异的早期出现表明它们在细胞命运决定中的作用.
