开发,验证和应用基于单分子分子逆转探针的新型综合基因查方法,用于印度29种常见的溶酶体储存障碍
Harsh Sheth1, Aadhira Nair2, Riddhi Bhavsar2
1FRIGE Institute of Human Genetics, FRIGE House, Jodhpur Village Road, Satellite, Ahmedabad, India, 380015. harsh.sheth@frige.co.in.
Human genomics
|May 10, 2024
概括
一种新的单分子分子逆转探头 (smMIP) 试验为诊断溶酶体储存障碍 (LSDs) 提供了一种低成本,高通量方法. 这种先进的基因查提高了各种LSD的诊断产量,包括那些缺乏生物化学测试的LSD.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 遗传学和基因组学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 目前的溶酶体储存障碍 (LSD) 诊断依赖于连续的,昂贵的生物化学测试和DNA测序,由于重叠的症状,往往产生有限的结果.
- 现有的LSD诊断途径是代的,耗时的,昂贵的,需要更有效的方法.
研究的目的:
- 开发和验证一种新的,低成本的,高通量测序试验,用于选单核酸变异 (SNV) 和复制数变异 (CNV) 在与印度29种常见LSD相关的基因中.
- 与当前的临床方法相比,提高诊断产量并降低诊断LSD的成本.
主要方法:
- 903个单分子分子逆转探头 (smMIP) 的设计,针对LSD的23个关键基因 (53.7 kb),均等地汇集到一个测序库中.
- 在50名患者中验证smMIP试验,随后对300名生物化学诊断或临床怀疑LSD的患者进行查.
- 测试性能的评估使用DNA从干燥的血液斑点和全血.
主要成果:
- 在先前生物化学性LSD诊断的患者中,诊断收益率为83.4%,在具有高度临床怀疑的患者中达到73.9%.
- 成功检测到SNV和副本数变异 (包括单个和多个表因子的CNV) 的高度可靠性.
- 能够诊断尼曼-皮克病C型和神经状体脂症-6,而生物化学测试是不可用的,并证明了与干燥的血斑具有相似的性能.
结论:
- 开发了一种灵活,可扩展和具有成本效益的试验,用于对印度29种常见的LSD进行可靠的遗传诊断.
- 该试验巩固了多种变异类型和样本类型的检测,以与当前范式相比的可比或更低的成本提供了更好的诊断产量.
