协调瘤突变负担分析:使用临床整体外体序列 (WES) 的 in silico 参考数据集进行的多中心研究的见解
Lijia Yu1,2,3, Yuanfeng Zhang1,2,3, Duo Wang1,2,3
1National Center for Clinical Laboratories, Institute of Geriatric Medicine, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing Hospital/National Center of Gerontology, Beijing, China.
American journal of clinical pathology
|May 11, 2024
概括
瘤突变负担 (TMB) 估计的全外体测序 (WES) 在实验室之间显示出显著的变化. 协调基于WES的TMB分析对于可靠的免疫治疗反应预测至关重要.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 瘤突变负担 (TMB) 是预测免疫检查点抑制剂反应的关键生物标志物.
- 整体外体测序 (WES) 越来越多地用于TMB估计,但其临床性能和实验室间可比性需要彻底评估.
研究的目的:
- 在常规临床试验条件下,在多个实验室中评估基于WES的TMB分析的可靠性和可比性.
- 通过使用WES. 来识别导致TMB估计的实验室间变异的因素.
主要方法:
- 一项涉及中国24个实验室的多中心研究.
- 使用in silico匹配的瘤正常数据集评估TMB估计准确性和可比性.
- 分析因素,包括变量调用精度,检测极限 (LOD),感兴趣的区域 (ROI) 和TMB切断点.
主要成果:
- 实验室一贯低估TMB得分,只有50%的结果在预期值的±30%间隔内.
- 低TMB分数 (<2.5) 一般实现了共识解释.
- 实验室间偏差受变种调用准确度,WES LOD,ROI大小和选择的TMB切断点的影响.
结论:
- 基于WES的真实世界TMB分析带来了挑战,需要对临床应用进行优化.
- 标准化分析程序对于最大限度地减少TMB估计中的方法偏差至关重要.
- 协调的TMB评估对于准确的患者分层和预测免疫治疗反应至关重要.
