CCSfind:一种用于建立化学信息的LC-IM-MS数据库的工具

科学领域:

• 分析化学 分析化学
• 计算化学计算化学
• 频谱测量是一种光谱测量.

背景情况:

• 离子移动性质谱 (IM-MS) 提供精确的质量和离子形状/尺寸数据 (移动性K,碰撞截面CCS).
• 当前的分析数据库无法完全捕捉IM-MS数据,例如全移动性光谱 (CCS分布) 或额外的离子物种 (例如引物).
• 这限制了对小分子的实验IM-MS测量的全面利用.

研究的目的:

• 介绍CCSfind,这是一个新的计算工具,用于从实验IM-MS测量中构建全面的数据库.
• 为了在单个数据步骤中实现完整的离子移动性光谱和多种离子物种的统一处理和存储.
• 提高IM-MS数据的分析实用性,用于小分子表征和数据库创建.

主要方法:

• CCSfind分析开源的 mzML 文件,以根据输入的化学配方定位预测的离子物种.
• 该工具处理的是染色学分离的异构体和IM分离的异构体离子 (原构体,变态体).
• 用户定义的SQL输出格式允许简单的数据库输入创建,高效处理大型文件 (最多1GB在<2分钟内).

主要成果:

• 通过实验IM-MS数据,CCSfind成功地建立了全面的数据库,整合了全移动性光谱和各种离子物种.
• 该工具有效处理大型数据集,计算时间与输入文件大小或分子公式数量线性缩放.
• 结果可以在数据库承诺之前手动审查和注释实验设置,确保数据完整性.

结论:

• 通过实现全面的数据库构建,CCSfind代表了利用IM-MS数据进行小分子分析的重大进步.
• 该工具通过捕捉IM-MS实验数据的全部丰富性来解决当前数据库的局限性.
• 在IM-MS研究中,CCSfind有助于改进数据管理和检索,支持更详细的分子表征.