寻找与压力有关的链接:使用文本挖掘来自动化参考化学理
Bryant A Chambers1, Danilo Basili2, Laura Word1
1Center for Computational Toxicology and Exposure, Office of Research and Development, U.S. Environmental Protection Agency, Research Triangle Park, North Carolina 27711, United States.
这项研究开发了一种自动化管道,以创建影响应激反应通路 (SRPs) 的化学物质的公共数据库. 机器学习优先考虑摘要,使457种化学品能够有效地识别SRP活动,用于公共卫生应用.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 毒理学 毒理学 毒理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 应激反应通路 (SRPs) 对于细胞平衡至关重要,但可以导致细胞亡,自或衰老.
- 治疗方案是治疗干预和毒性生物标志物的关键目标.
- 对于数据驱动的公共卫生工具,需要对扰乱SRP的化学物质的公共数据库.
研究的目的:
- 开发和策划第一个版本的公共数据库的化学物质,扰乱SRPs.
- 创建一个自动化文本挖掘管道,以实现高效的数据库构建.
- 通过使用化学扰动数据,为公共卫生提供新的数据驱动工具.
主要方法:
- 使用参考SRP化学品和PubMed摘要开发了一个自动化文本挖掘管道.
- 雇员信息检索和相互信息值,以确定相关的化学-SRP关系.
- 利用机器学习 (人工神经网络) 优先考虑专家审查的摘要,实现F1宏为0.678.
主要成果:
- 在LINCS数据库中识别了1206个假定SRP扰动因子.
- 手动审查的摘要通过机器学习优先考虑,导致457种化学物质与SRP活动进行注释.
- 通过对作用机制和化学物质使用类别 (例如与HSP90相关的热冲击诱导剂) 的独立分析,验证了文本挖掘的关联.
结论:
- 开发的自动化管道有效地建立了一个有价值的SRP扰乱化学品的公共数据库.
- 该数据库促进了LINCS数据的新应用,并推动了生物医学信息提取.
- 这些发现支持使用文本挖掘和机器学习来管理化学生物学数据库.
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