一种有针对性的深度测序方法,用于量化内源性逆转录病毒语序列变异和在非肥胖的糖尿病小鼠中表达的开放读取
Yang D Dai1,2, Wenge Du3, Yaqin Wang3
1Biomedical Research Institute of Southern California, Oceanside, CA.
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
|May 13, 2024
概括
内源逆转录病毒 (ERV) 与1型糖尿病 (T1D) 有关. 在胰腺小岛中量化Gag基因变异和ORF可以预测T1D易感性和跟踪疾病进展.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 内源逆转录病毒 (ERV) 涉及到自身免疫性疾病,如1型糖尿病 (T1D).
- 类似于小鼠白血病逆转录病毒的ERV基因产物,在NOD小鼠的胰腺小岛中发现,这是T1D模型.
- 在小岛中存在ERV Gag基因,其序列变异和开放的读取框架 (ORF).
研究的目的:
- 研究ERV Gag基因变异和ORF在T1D易感性和进展中的作用.
- 建立一种量化Gag变体和ORFs作为T1D潜在生物标志物的方法.
主要方法:
- 开发了针对保存的Gag基因区域的安普利康深度测序.
- 在NOD小鼠 (T1D模型) 中比较了Gag变体和ORF数量,与耐药小鼠和不同年龄的糖尿病前NOD小鼠相比.
- 执行序列对齐以识别核酸和氨基酸标记物.
主要成果:
- 变体和ORF的数量与T1D易感性相关.
- 这些数字在糖尿病发展过程中动态变化,允许量化疾病进展.
- 确定了特定的核酸不匹配和氨基酸共识模式,作为糖尿病发病前的早期和晚期标记.
结论:
- 可以将ERV Gag基因序列变异和ORF量化为生物标志物.
- 这些生物标志物可以估计T1D易感性,并监测疾病进展.
- ERV Gag基因分析为T1D研究和诊断提供了一种新的方法.
