肠道微生物组依赖的代谢物高通量识别
Shuo Han1,2,3, Emma R Guiberson4, Yuxin Li5
1Department of Biochemistry, Duke University School of Medicine, Durham, NC, USA. shuo.han@duke.edu.
Nature protocols
|May 13, 2024
概括
研究人员开发了一种新协议来识别肠道微生物代谢物,克服了微生物科学中的一个重大挑战. 这种方法有助于研究微生物与宿主相互作用,了解肠道细菌代谢.
科学领域:
- 微生物组科学 微生物组科学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 主体与微生物的相互作用
背景情况:
- 识别肠道微生物代谢物对于微生物组研究至关重要,但在技术上具有挑战性.
- 现有的代谢学方法往往缺乏对微生物组研究的特异性或广度.
- 在许多学术实验室中,缺乏专业的专业知识阻碍了代谢物分析.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的,广泛的新陈代谢协议,专门用于肠道微生物.
- 为了使微生物代谢物的综合分析,从样本采集到数据解释.
- 通过识别关键代谢物,促进对微生物与宿主相互作用的研究.
主要方法:
- 开发了一种使用液体染色学-质谱学 (LC-MS) 和生物信息学分析的协议.
- 设计用于肠道微生物聚焦的代谢学,适用于从培养超水生物到生物标本.
- 仅需要使用标准LC-MS仪器,通常可在核心设施中使用.
主要成果:
- 成功识别了800多种微生物代谢物,可靠性很高.
- 该协议在包括人类生物标本在内的各种样本类型中证明了适用性.
- 能够全面追踪肠道细菌的新陈代谢在体外和体内.
结论:
- 开发的协议显著降低了分析肠道微生物代谢物的障碍.
- 它支持对微生物与宿主相互作用的假设驱动的机制研究.
- 加快对肠道微生物组的化学层次理解.
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