边界效应导致人群基因组数据范围扩展的错误信号
Petri Kemppainen1, Rhiannon Schembri2,3, Paolo Momigliano1
1School of Biological Sciences and Swire Institute of Marine Science, Faculty of Science, The University of Hong Kong, Hong Kong, SAR, People's Republic of China.
在检测物种范围扩张时,边界效应可能导致错误的阳性结果. 研究人员建议考虑相对于基因结构的方向性指数 (ψ) 大小,以准确检测.
科学领域:
- 人口遗传学 人口遗传学
- 进化生物学是进化的生物学.
- 生态动力学 生态动力学
背景情况:
- 范围的扩大对于理解遗传变异,难民和入侵至关重要.
- 扩张期间的连续创始人事件会导致遗传多样性下降和等位基因频率不对称.
- 定向指数 (ψ) 捕捉到这些不对称性,对范围扩展敏感.
研究的目的:
- 调查边界效应对检测范围扩展的影响.
- 开发用于识别遗传数据中真实范围扩展特征的改进方法.
- 用精细的分析方法重新评估现有的范围扩展数据.
主要方法:
- 模拟元群体以评估对遗传多样性和 ψ.的边界影响.
- 分析了ψ▲,固定指数 (FST) 和范围扩展特征之间的关系.
- 在实证数据中应用一种新方法,结合了在 ψ 中的 ɛidiyeψidiye/FST 和地理线索.
主要成果:
- 边界效应在平衡群体中增加了范围扩展检测的假阳性率.
- 在模拟中,在平衡数据中,位与FST成正比.
- 一个快速的甘青入侵显示出强烈的范围扩张签名,与之前被确定为阳性的28个scincid数据集不同.
结论:
- ψ的临床变化仍然是范围扩张的敏感指标.
- 必须将 ψ 的大小与整体遗传结构 (FST) 进行评估,以确认真正的范围扩展.
- 这种方法提高了在自然种群中检测范围扩张的可靠性.
更多相关视频
11:35Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA and DNA-affinity Precipitation Assay DAPA
Published on: August 21, 2016
12:39A Novel Bayesian Change-point Algorithm for Genome-wide Analysis of Diverse ChIPseq Data Types
Published on: December 10, 2012
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Genetic Drift
Frequency-dependent Selection
Mutation, Gene Flow, and Genetic Drift
Comparing Copy Number Variations and SNPs
Copy number variations or CNVs are the structural variations that cover more than 1kb of DNA sequence. The single nucleotide polymorphism (SNP), on the other hand, is a single nucleotide change or a point mutation that is found in more than 1%...
Gene Flow
