循环目录:人类和小鼠样本的全面HiChIP数据库.
Joaquin Reyna1,2, Kyra Fetter1,3, Romeo Ignacio1,4
1Centers for Cancer Immunotherapy and Autoimmunity, La Jolla Institute for Immunology, La Jolla, CA 92037 USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|May 15, 2024
概括
循环目录是一个新的数据库,提供了来自HiChIP和Hi-C实验的超过419万个染色质循环. 该资源有助于解释遗传变异和理解基因组调节.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 染色体循环在基因调节中起着至关重要的作用.
- 高通量染色体构造捕获 (Hi-C) 和HiChIP技术为3D基因组组织提供了高分辨率的见解.
- 需要一个集中资源来管理和分析越来越多的HiChIP数据.
研究的目的:
- 开发一个全面的,基于网络的染色质循环数据库,称为Loop Catalog.
- 通过使用HiChIP和Hi-C数据,促进对遗传变异和监管要素的解释.
- 为探索色素结构和功能提供综合分析工具.
主要方法:
- 来自152项研究中的1000多个人类和老鼠HiChIP样本的汇总和策划的循环呼叫.
- 包括44个高分辨率的Hi-C数据集用于比较分析.
- 开发了用于SNP-to-gene链接,模式分析和网络生成的集成模块.
主要成果:
- 循环目录数据库包含超过419万个独特的染色质循环.
- 在解释全基因组关联研究 (GWAS) 和表达量化特征局部 (eQTL) 变体方面证明有用.
- 能够识别丰富的序列动图和动图对,并生成监管网络.
结论:
- 循环目录为基因组学和表观遗传学研究社区提供了有价值的,可访问的资源.
- 促进研究3D基因组结构及其在基因调节和疾病中的作用.
- 赋予研究人员用于变体解释和监管网络建设的工具.
