同时检测病原体和抗菌素耐药性基因,使用开源,基于云的CZ ID管道

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.
• 公共卫生 微生物学

背景情况:

• 抗菌素耐药性 (AMR) 构成了全球健康的重大威胁.
• 下一代元基因组测序 (mNGS) 对于病原体监测至关重要.
• 现有的生物信息学工具往往难以同时分析微生物和AMR基因序列.

研究的目的:

• 开发一个开放的,基于云的生物信息工作流程,用于集成的微生物和AMR基因检测.
• 增强CZ ID平台分析mNGS和全基因组测序 (WGS) 数据的能力.
• 支持公共卫生努力,打击AMR日益增长的威胁.

主要方法:

• 开发CZ ID AMR模块,整合综合抗生素耐药性数据库和耐药性基因标识符.
• 与CZ ID短读mNGS模块的协同使用,用于广泛检测.
• 应用到来自临床和环境样本的各种mNGS和WGS数据集.

主要成果:

• 从mNGS和WGS数据中成功整合了微生物识别和AMR分析.
• 在各种应用中显示出实用性,包括临床病例分析,疫情调查和废水监测.
• 启用了医院病原体的遗传学分析和AMR基因的纵向跟踪.

结论:

• 该CZ ID AMR模块显著提高了病原体基因组分析的开放式生物信息学能力.
• 综合微生物和AMR分析提供了对传染病和抗体的更深入的了解.
• 这种工具使基因组分析实现了民主化,促进了对抗AMR的合作努力.