通过diaPASEF方法对蛋白质识别和量化的评估在时间上SCP SCP
Ju Wang1, Haiyan Tan2, Yingxue Fu2
1Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology, St. Jude Children's Research Hospital, Memphis, Tennessee 38105, United States.
概括
在 timsTOF SCP 仪器上优化并行积累-串行碎片,并与数据独立获取 (diaPASEF) 结合,可在少量样本中增强蛋白质识别. 这种diaPASEF方法提供了准确的量化,超过了传统的记者离子量化.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 精确的量化在蛋白质组学中至关重要,特别是对于少量样本.
- 4D数据独立采集 (DIA) 提供了更高的灵敏度和选择性.
- 缺乏对diaPASEF参数的系统优化和评估.
研究的目的:
- 在 timsTOF SCP仪器上优化 diaPASEF 的关键参数.
- 为了在少量样本中改善蛋白质识别.
- 为了全面评估diaPASEF的量化准确性.
主要方法:
- 优化了样品负载,坡道/积累时间,隔离窗口和梯度.
- 采用不同的列设置和n-dodecyl-β-d-maltoside (DDM) 来进行样本溶解.
- 使用TMT-reporter,TMTc和diaPASEF进行比较量化.
主要成果:
- 在单细胞等价水平上实现了19倍的蛋白质识别增加.
- 在diaPASEF,TMTc和TMT-reporter量化之间显示出强烈的相关性.
- 展示了diaPASEF和TMTc,有效地解决了压缩比.
- 在TMT-reporter和TMTc之间定位的diaPASEF量化,用于组内变化.
结论:
- 优化 diaPASEF 在 timsTOF SCP 是量化蛋白质组学的一个精确和准确的方法.
- 这种方法对于分析小样本量特别有效.
- 与TMT报告员量化相比,diaPASEF提供了更高的量化准确性.
