一个基于转录的解卷框架,用于评估AML的分化阶段和药物反应
E Onur Karakaslar1,2,3, Jeppe F Severens1,2,3, Elena Sánchez-López3,4
1Department of Biomedical Data Sciences, Leiden University Medical Center, Leiden, The Netherlands.
NPJ precision oncology
|May 18, 2024
概括
这项研究表明,急性髓性白血病 (AML) 的细胞成熟阶段预测药物耐药性,特别是对Venetoclax. 这一发现为基于细胞表型的AML治疗提供了个性化的新方法.
科学领域:
- 血液学 血液学 血液学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 急性髓性白血病 (AML) 的诊断越来越依赖于基因突变来预后和治疗选择.
- 然而,AML爆细胞的成熟停止在预测药物反应方面正在重新获得重要性.
研究的目的:
- 评估从大量RNA-seq数据中得出的估计细胞组成 (ECCs) 的实用性,以重构AML的形态差异化阶段 (FAB).
- 确定ECC是否可以预测ex-vivo耐药性,特别是对Venetoclax.
- 为了研究CD14+单细胞表型,BCL-2蛋白丰富度和Venetoclax耐药性之间的关系.
主要方法:
- 来自五个AML队列的1350个散装RNA-seq样本的解卷使用单细胞健康骨髓参考.
- 使用估计细胞组成 (ECCs) 重建形态差异化阶段 (FAB).
- 基于ECC的药物耐药性预测使用LUMC蛋白质组学数据的验证和与患者存活率的相关性.
主要成果:
- 用ECCs准确地重建了形态差异化阶段 (FAB).
- ECC可靠地预测了对Venetoclax的活体耐药性,特别是在具有CD14+单细胞表型的AML中.
- 在与CD14+单细胞百分比相关的NPM1-突变AML中,BCL-2蛋白质丰度显示出明显的聚类,影响了Venetoclax的反应.
- 威尼托克拉克斯耐药性的预测可以扩展到缺乏复发性遗传异常的AML亚型,包括与MDS相关的和二次AML.
- 用Venetoclax/Azacitidine治疗的CD14+单细胞主导的患者的整体存活率显著降低.
结论:
- 提出了一个关于AML突变和成熟阶段联合建模的框架.
- 这一框架可以指导在各种AML亚型中测试新的治疗药物.
- 了解AML细胞成熟对于预测Venetoclax耐药性和优化治疗策略至关重要.
