优化的SMRT-UMI协议产生来自不同种群的高度准确的序列数据集-适用于HIV-1类物种
Dylan H Westfall1, Wenjie Deng1, Alec Pankow1
1Department of Microbiology, University of Washington School of Medicine, 960 Republican Street, Seattle, WA 98195-8070, USA.
Virus evolution
|May 20, 2024
概括
由于错误,准确的病原体准物种测序具有挑战性. 这项研究引入了优化的实验室协议和生物信息管道 (SMRT-UMI和PORPID管道) 以实现高精度的病原体序列表征.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 病原体准物种使得适应和持久性成为可能.
- 对病原体多样性的准确表征对于理解进化和治疗耐药性至关重要.
- 样本处理和放大过程中的测序错误可能会阻碍准确的准物种分析.
研究的目的:
- 开发和验证全面的实验室和生物信息工作流程,以准确地描述类物种特征.
- 为了尽量减少在样本准备,PCR和测序过程中引入的错误.
- 为了能够可靠地识别和分析病原体群体内的低频变异.
主要方法:
- 在cDNA模板上利用太平洋生物科学单分子实时 (SMRT) 测序与独特的分子标识符 (UMI).
- 开发了优化的实验室协议,以尽量减少PCR重组和测序错误.
- 实施了一个新的生物信息管道 (Probabilistic Offspring Resolver for Primer IDs - PORPIDpipeline) 用于读取过,共识生成和错误纠正.
主要成果:
- 与PORPIDpipeline相结合的SMRT-UMI测序有效地消除了PCR和测序错误,使得模板可以准确量化.
- 工作流成功生成了高度准确的共识序列,识别了多种类型的近似物种.
- 证明了该方法在特征人体免疫缺陷病毒准物种在发射器-接收器对中的实用性.
结论:
- 本文介绍的SMRT-UMI测序和PORPIDpipeline为准确的病原体准物种测序提供了强大而适应性的解决方案.
- 这些方法为研究病原体进化,宿主相互作用和治疗反应提供了可靠的起点.
- 工作流程提高了检测和分析低频变异的能力,这对于了解病原体动态至关重要.
