scDAPP:一个全面的单细胞转录组学分析管道,优化用于跨组比较
Alexander Ferrena1,2, Xiang Yu Zheng1, Kevyn Jackson1
1Department of Genetics, Albert Einstein College of Medicine, Bronx, NY, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|May 20, 2024
概括
我们开发了scDAPP,这是用于单细胞RNA测序分析的自动化R管道. 该工具标准化了数据处理和比较分析,使复杂的转录组数据可用于生物解释.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞转录组学 (scRNA-seq) 能够进行细胞群和基因表达的跨组比较.
- 大量的scRNA-seq数据集和复杂的设计需要先进的,标准化的生物信息学分析.
- 不断发展的软件和分析方法凸显了对高效,灵活和自动化管道的需求.
结论:
- scDAPP提供了一个自动化,标准化和灵活的解决方案,用于比较scRNA-seq分析.
- 该管道提高了透明度,并促进了复杂的转录基因数据的生物学解释.
- 作为一个R包,在GitHub上免费提供全面的文档和样本数据.
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