在分子网络中,近距离节点之间的电线比远距离节点之间的电线更快地发展
Alejandro Gil-Gomez1, Joshua S Rest1
1Department of Ecology and Evolution, Laufer Center for Physical and Quantitative Biology, Stony Brook University, 650 Life Sciences, Stony Brook, NY 11794-4254, USA.
药物相互作用 (DDI) 在物种之间迅速发生变化,为估计分子网络演变提供了一种新的方式. 协同DDI涉及更快进化的密切联系的目标,为进化速度提供了洞察力.
科学领域:
- 进化生物学是进化的生物学.
- 系统生物学 系统生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 分子网络,包括蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI) 和代谢网络,随着物种分离而变化.
- 由于有限的数据和模型生物的偏见,研究跨物种的网络进化是具有挑战性的.
- 药物相互作用 (DDI) 可以作为分子网络拓变化的代理.
研究的目的:
- 提出和评估跨物种DDI变化率作为分子网络演变的估计.
- 研究协同DDI与其分子点的进化速率之间的关系.
- 探索药物组合 (DC) 数据对大规模网络演变研究的有用性.
主要方法:
- 计算了DDI的进化速率,使用了高吞吐量细菌的高吞吐量数据.
- 应用了遗传学比较方法来分析DDI在进化时间上的差异.
- 在PPI和协同功能网络中映射药物目标,以分析协同DDI及其演变速率.
主要成果:
- 在较短的进化时期,DDI表现出快速分歧,在较长的时间尺度上和.
- 协同DDI涉及到在网络中进化更接近的分子目标.
- 在分子网络中更紧密的节点显示出更快的进化速率.
结论:
- DDI演变的速度可以有效地估计底层分子网络变化的速度.
- 协同药物相互作用突出了快速演变的分子标.
- 药物组合数据提供了一个可扩展的方法来研究跨不同物种的网络演变.
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