一个新的临床元蛋白学工作流程使得在疾病中对宿主-微生物动态的生物信息分析成为可能

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 蛋白质组学是指蛋白质组学.

背景情况:

• 临床元蛋白组学提供了对疾病中宿主微生物群相互作用的见解.
• 挑战包括微生物蛋白质丰度低,以及用于准确识别的大型数据库.
• 现有的方法需要复杂的生物信息分析来进行分类学和功能性注释.

研究的目的:

• 开发一个完整的生物信息学工作流程,用于临床的metaproteomics.
• 为了使临床样本中的微生物蛋白质能够进行敏感的识别,定量和注释.
• 促进研究疾病中的宿主微生物动态.

主要方法:

• 集成的工作流将质谱与生物信息工具 (MetaNovo,SearchGUI/PeptideShaker,MaxQuant,PepQuery2,Unipept,MSstatsTMT) 结合在一起.
• 在银河系生态系统中实施的可访问性工作流.
• 用于分析各种临床样本,包括宫抽样.

主要成果:

• 从低丰度的临床样本中成功识别和量化微生物蛋白质.
• 在宫抽样中表现出微生物群落的表征工作流的有效性.
• 为分类学和功能注释提供了一个全面的管道.

结论:

• 开发的工作流程通过使强大的微生物蛋白质分析成为可能,增强了临床甲型蛋白质学.
• 这种工具使研究人员能够研究疾病中的宿主微生物群相互作用.
• 工作流可以通过银河训练网络访问,以获得更广泛的研究应用.