开发一个由九种变体组成的参考材料面板,以标准化无细胞DNA检测
Chunyan Niu1, Jiejie Zhang1,2, Yan Fang1,2
1Center for Advanced Measurement Science, National Institute of Metrology, Beijing, 100013, China.
Analytical and bioanalytical chemistry
|May 23, 2024
概括
研究人员开发了一种用于检测无细胞DNA (cfDNA) 突变的新型参考材料面板. 该小组有助于验证用于癌症生物标志物分析的液体活检试验.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 无细胞DNA (cfDNA) 分析是一种有前途的癌症生物标志物,可以替代组织活检.
- 由于缺乏标准化的参考材料,对cfDNA检测试验的准确性能评估受到阻碍.
研究的目的:
- 为检测cfDNA突变开发一个全面的参考材料小组.
- 支持液体活检试验的验证和质量控制.
主要方法:
- 产生了具有9个热点突变 (KRAS/BRAF/EGFR/PIK3CA) 的参考材料,在不同的变异异位基因频率 (VAF) 上.
- 通过酶地将细胞系DNA消化成154-173bp碎片来模仿cfDNA.
- 使用经过验证的数字PCR分析精确量化VAF.
- 通过两个独立的下一代测序 (NGS) 试验证实了面板可靠性.
主要成果:
- 开发了一个参考材料小组,涵盖了九个关键的癌症相关突变.
- 确立了每个突变的精确VAF,范围从0.33%到23.9%.
- 通过数字PCR证明了VAF确定高精度.
- 在通过独立的NGS测定验证面板时获得了一致的结果.
结论:
- 新型cfDNA参考材料面板适用于验证液体活检试验.
- 这个小组可以提高基于cfDNA的癌症生物标志物检测的可靠性和质量控制.
- 方便对各种cfDNA检测方法进行准确的性能评估.
