来自固定在甲甲基和固定在甲素的嵌在甲中的大脑组织的核的转录基因分析
Yunxia Guo1, Junjie Ma2, Zhengyue Li1
1State Key Laboratory of Digital Medical Engineering, School of Biological Science & Medical Engineering, Southeast University, Nanjing, 210096, China.
Analytica chimica acta
|May 24, 2024
概括
甲 (PFA) 固定时间显著影响大脑核转录组概况,改变细胞状态和基因表达. FFPE存储时间的影响最小,指导单核RNA-seq准备用于脑疾病研究.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 基因组学就是基因组学.
- 病理学 病理学 病理学
背景情况:
- 固定在形式素和嵌入式抛 (FFPE) 组织对于体化学染色和临床研究至关重要.
- 对于FFPE标本,单细胞基因表达分析正在出现,单核转录组学对像大脑这样具有挑战性的组织有益.
- 标准病理固定对存档的FFPE样本转录组的影响尚不清楚.
研究的目的:
- 为了研究对甲 (PFA) 固定和对嵌在小鼠海马核转录组的影响.
- 评估固定时间和FFPE存储时间对转录形状和细胞组成的影响.
主要方法:
- 在从新鲜的PFA固定,FFPE和冷保存的小鼠海马体样本中分离的细胞核上进行了RNA测序 (RNA-seq).
- 转录组形状和细胞类型比例与固定持续时间 (1天与3天PFA) 和FFPE储存时间相关分析.
主要成果:
- 新鲜的PFA固定和FFPE组织的转录学签名与冷保存的样本相似.
- 长时间的PFA固定 (>3天) 增加了差异性表达的基因,特别是在结合体和突触通路中.
- PFA固定改变了细胞状态,减少了神经元和寡类细胞群,同时增加了微质细胞;FFPE储存时间对细胞组成的影响最小.
结论:
- 固定时间,特别是在1-3天之间,比FFPE存储时间更大程度上影响脑组织中的核转录组形状和细胞状态.
- 这些发现为优化用于疾病研究的FFPE脑样本单核RNA-seq研究的样本准备提供了关键指导.
