开发MetaXplore:一个针对目标元基因组分析的交互工具

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 标记基因片的高通量测序是微生物社区分析的标准.
• 研究人员往往缺乏生物信息学专业知识,用于管道选择和数据分析.
• 现有的工具可能需要编程技能,构成进入障碍.

研究的目的:

• 介绍MetaXplore,这是一个交互式和用户友好的平台,用于分析片测序数据.
• 为微生物社区分析提供可访问的工具,而不需要生物信息学技能.
• 为了促进从复杂的微生物数据集中发现和可视化见解.

主要方法:

• 使用R和Shiny框架开发一个交互式平台.
• 整合了经过充分记录的下游分析模块:α/β多样性,分类构成,差异丰度,核心微生物群和生物标志物分析.
• 实现本地安装 (Windows,macOS,Linux) 和远程网络服务器访问.

主要成果:

• MetaXplore提供了一个用户友好的界面,用于探索片序列数据.
• 该平台生成出版品质的图形,并提供简单的定制选项.
• 它支持一系列重要的微生物社区分析,包括多样性,组成和生物标志物发现.

结论:

• MetaXplore使微生物社区分析民主化,使更广泛的研究受众能够访问复杂的数据.
• 该平台使研究人员能够进行复杂的分析并生成高质量的可视化.
• 它是新手用户和高级生物信息学家的宝贵工具.