评估体力场的性能,以建模循环体的溶液结构组合
Jiayuan Miao1, Arghya Pratim Ghosh1, Minh Ngoc Ho1
1Department of Chemistry, Tufts University, Medford, Massachusetts 02155, United States.
The journal of physical chemistry. B
|May 24, 2024
概括
我们评估了七个分子动力学力场用于循环结构预测. RSFF2+TIP3P,RSFF2C+TIP3P和Amber14SB+TIP3P表现最好,准确预测大多数测试的循环的结构.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 生物分子模拟技术
- 结构生物学是结构生物学.
背景情况:
- 分子动力学 (MD) 模拟对于理解循环溶液结构至关重要.
- MD模拟的准确性在很大程度上取决于所选择的力场.
- 评估力场性能对于可靠的结构预测至关重要.
研究的目的:
- 评估七个最先进的力量场的性能.
- 为了比较它们在复制水中的循环的实验核磁共振 (NMR) 数据的能力.
- 为了确定最准确的力场,用于循环的结构特征.
主要方法:
- 在水中对12个基准循环 (五,六,七) 进行了分子动力学模拟.
- 评估了七种不同的力场:RSFF2+TIP3P,RSFF2C+TIP3P,Amber14SB+TIP3P,Amber19SB+OPC,OPLS-AA/M+TIP4P,Amber03+TIP3P,以及Amber14SBonlysc+GB-neck2. 这些力场包括:
- 将模拟结果与实验NMR衍生的结构信息进行比较.
主要成果:
- RSFF2+TIP3P,RSFF2C+TIP3P和Amber14SB+TIP3P表现出最佳性能,准确地汇总了12种周期性中的10种NMR数据.
- 珀19SB+OPC表现良好,可复制8个循环的NMR数据.
- OPLS-AA/M+TIP4P,Amber03+TIP3P和Amber14SBonlysc+GB-neck2表现较差,仅准确预测了5种的结构,主要是结构较差的.
结论:
- 具体的力场,即RSFF2+TIP3P,RSFF2C+TIP3P和Amber14SB+TIP3P,是水中循环的精确分子动力学模拟的建议.
- 选择的力场显著影响循环结构的计算预测的可靠性.
- 这项研究为在循环的计算研究中选择适当的力场提供了有价值的指导.
