用诊断纳米孔测序工作流程对肠道病毒进行回顾性基因定型

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 传染性疾病 传染性疾病
• 分子诊断学 分子诊断

背景情况:

• 肠道病毒是常见的人类病原体,引起各种疾病,从轻微的呼吸道感染到严重的神经系统疾病,如脑膜炎和脑炎.
• 近年来,有越来越多的关于肠道病毒相关的儿科脑膜炎/脑炎和显著的肠道病毒D68爆发的报道,突出了有效监测的必要性.

研究的目的:

• 开发和验证使用VP1基因纳米孔测序的快速肠病毒和犀病毒基因型定型试验.
• 在瑞士苏黎世的临床样本中分析肠道病毒和鼻病毒的流行率和多样性,在2019/2020和2021/2022呼吸季.

主要方法:

• 开发一种基于纳米孔测序的测定方法,针对VP1基因的特定区域进行快速肠道病毒和鼻病毒基因定型.
• 从2019年到2022年收集的255个肠道病毒/鼻病毒阳性临床样本 (呼吸道,脑脊液,便) 的回顾性分析.
• 对于具有模两可的基因型化结果的样本和对肠道病毒D68阳性病例,采用了全基因组测序.

主要成果:

• 该试验成功地在分析的临床样本中确定了95种不同的肠道病毒和鼻病毒基因型.
• 根据样本类型和年龄组,肠病毒和鼻病毒感染的患病率有很大差异,在0-4岁儿童中患病率显著增加.
• 在2021/2022赛季与2019/2020赛季相比,观察到肠道病毒A和甲状腺病毒A的患病率更高,特别是在SARS-CoV-2大流行后.

结论:

• 开发的纳米孔测序工作流提供了一个快速有效的工具,用于分子类型的肠道病毒和鼻病毒.
• 这种试验既有助于个别患者的诊断,也有助于对这些常见的病毒病原体进行持续的流行病学监测.
• 这些发现强调了肠道病毒和鼻病毒循环的动态性质,特定的基因型在某些年龄组和流行后时期的流行率增加.