排泄基因单核酸变体与耐药性相关,在Mycobacterium结核病菌与不一致的药物基因型的隔离物中
Zahra Hasan1, Safina Abdul Razzak1, Akbar Kanji1
1Department of Pathology and Laboratory Medicine, Aga Khan University, Karachi, Pakistan.
Journal of global antimicrobial resistance
|May 24, 2024
概括
结核菌流出中的单核酸变体 (SNV) 与多药性耐药性 (MDR) 有关,包括广泛耐药性 (XDR) 菌株. 分析这些SNV可以更好地了解耐药性,特别是在具有冲突的遗传和表型数据的情况下.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 药物耐药性研究 药物耐药性研究
背景情况:
- 在Mycobacterium结核病基因组中的单核酸变体 (SNV) 预测多药性耐药性 (MDR).
- 药物耐药性的表型-基因型相关性并不能完全由已知的SNVs解释.
- 排泄 (EP) 对Mycobacterium结核病的耐药性至关重要.
研究的目的:
- 调查SNVs在Mycobacterium结核病耐药性的排泄基因中的作用.
- 确定与多药性耐药性 (MDR),前广泛耐药性 (XDR) 和广泛耐药性 (XDR) 结核病相关的新型SNV.
- 评估EP SNVs在解释药物耐药性的表型-基因型差异方面的有用性.
主要方法:
- 分析了2221个Mycobacterium结核病基因组 (易受感染,MDR,XDR前,XDR).
- 在47个排放基因中识别和分类SNV,使用MTB-VCF管道.
- 使用结核病分析仪 (TB-Profiler) 来确定耐药性的基因型,并评估SNV病原性得分 (SIFT/PolyPhen).
主要成果:
- 418个独特的SNV在耐药分离物中的排泄基因中被确定.
- 在12个EP基因中的16个SNV与药物耐药性显著相关,富含XDR前和XDR菌株.
- 新型SNVs (Rv1877,Rv2333) 和之前报告的SNVs在Rifampicin,Isoniazid和Fluoroquinolones的表型-基因型差异的菌株中被发现.
结论:
- 排泄中的SNVs对Mycobacterium结核病耐药性有显著的贡献.
- 将EP SNV纳入基于基因组的耐药性解释可以提高准确性,特别是对于XDR菌株.
- 对于解决结核病耐药性的表型-基因型差异,EP SNVs非常有价值.


