采样效率和核酸稳定性在使用不同生物气溶样品进行长期采样时
Kari Oline Bøifot1,2, Gunnar Skogan3, Marius Dybwad3,4
1Norwegian Defence Research Establishment, P.O. Box 25, NO-2027, Kjeller, Norway. kari-oline.boifot@ffi.no.
Environmental monitoring and assessment
|May 25, 2024
概括
长期空气采样对基于液体和过器的生物气溶采集方法的核酸稳定性产生影响. 这项研究评估了四个空气样本,揭示了微生物组数据中的潜在偏差,这是由于采样期间的DNA降解.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子生物学分子生物学
- 气溶科学是一门气溶科学.
背景情况:
- 气溶微生物组研究正在与新技术一起推进.
- 长期采样增强了生物质采集用于元基因组测序.
- 长期采样期间核酸的稳定性至关重要,但人们对其了解甚少.
研究的目的:
- 在长期空气采样期间评估核酸稳定性.
- 将四个空气采样器的性能与参考方法进行比较.
- 为了确定生物气溶收集中的潜在偏差.
主要方法:
- 评估了SKC BioSampler,SASS3100,Coriolis μ和BioSpot-VIVAS与异孔膜过器进行对比.
- 使用光追踪器确定了0.8,1和3微米颗粒的物理采样效率.
- 在2小时采样期间使用MS2和Pantoea聚合物评估核酸产量和DNA降解.
主要成果:
- 生物采样器,SASS3100和BioSpot-VIVAS显示了所有颗粒大小的高采样效率 (>80%).
- 科里奥利斯μ对于0.8μm (7%) 和1μm (50%) 颗粒的效率较低.
- 基于液体的样本 (科里奥利斯,BioSampler) 显示核酸产量下降;基于过器的样本 (SASS3100,异构体过器) 显示1微米颗粒的DNA降解.
结论:
- 长期空气采样对基于液体和过器的采集方法的核酸稳定性产生重大影响.
- 空气采样器的选择和采样时间可以在气溶微生物组数据中引入偏差.
- 结果强调在解释微生物组数据时需要考虑采样器性能和潜在的核酸降解.
