建立基于自动化,高分辨率融分析和专门开发的 MATLAB 应用程序的鼠标基因造型核心设施,用于样本跟踪,数据分析和报告生成
Hagit Dafni1, Kohava Levi1, Miriam Chen Eldad1
1Department of Veterinary Resources, The Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel.
Comparative medicine
|May 25, 2024
概括
使用自动PCR组装和高分辨率化 (HRM) 分析建立内部基因型定型设施可以提高成本效益和可靠性. 这种精细的过程确保了精确的老鼠群管理和可重复的研究结果.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 实验室管理 实验室管理
背景情况:
- 基因定型对于有效的老鼠群管理和研究可重复性至关重要.
- 外包的基因型定型服务可能很昂贵,而使用临时工作人员的内部方法缺乏可靠性.
- 建立一个专门的,可靠的,和具有成本效益的内部基因造型设施对于研究机构来说是必不可少的.
研究的目的:
- 描述一个内部基因型核设施的建立.
- 实施自动聚合酶连锁反应 (PCR) 组装和高分辨率化 (HRM) 分析,以增强基因型定型.
- 开发一个精简的工作流程,以有效地跟踪样本,分析数据和生成报告.
主要方法:
- 利用自动化PCR组装和高分辨率化 (HRM) 分析进行基因定型.
- 开发定制的 MATLAB 应用程序,用于工作流程管理,样本跟踪和数据分析.
- 过渡分析超过250个目标基因从凝电泳到HRM分析.
主要成果:
- 成功将250多个目标基因转移到HRM分析中,只有2%需要进行协议调整.
- 实现了高吞吐量,每周处理超过1000个PCR反应.
- 证明了胚胎细胞基因定型可以作为冷保存的质量控制,支持3Rs原则.
结论:
- 公司内部开发的基因型鉴定协议具有成本效益,可靠性和效率.
- 自动化工作流程和HRM分析提高了研究的准确性和可重复性.
- 该协议支持动物研究中的3R原则 (取代,减少和改进).
