基因型-组织表达 (GTEx) 研究样本的组织学和质量评估:大量的死后组织收集

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 美国国立卫生研究院的基因型-组织表达 (GTEx) 项目旨在了解遗传变异如何影响人类各种组织的基因表达.
• 对生物标本的质量评估对于可靠的下游分析至关重要,包括对分析前因素和潜在疾病条件的评估.

研究的目的:

• 评估为GTEx项目收集的生物标本的质量.
• 在采购和保存方面确定组织特定的挑战.
• 评估组织是否适合用于RNA测序和其他分子分析.

主要方法:

• 对近3万个组织样本的电子图像进行了病理评估,这些样本来自大约1000名死后捐赠者.
• 自溶,组织纯度和外来组织的评估由认证的病理学家进行.
• 评估自身溶解,RNA完整性,死后间隔和死亡速度的组织特异差异.

主要成果:

• 收集的组织中有95%的质量足以进行RNA测序.
• 观察到自解和RNA完整性的显著组织特异性差异.
• 鉴定了与死后间隔和死亡速度相关的特定组织敏感性.

结论:

• 在GTEx项目成功地产生了高质量的,生物标本和相关数据的全面资源.
• 包括基因组和临床信息在内的GTEx数据支持广泛的科学研究.
• GTEx生物标本和数据是公开可用的,促进了广泛的研究使用,并为众多出版物做出贡献.