评估便样本采集方法用于猫肠道微生物群的分析:便循环与垃圾箱
Xiaolei Ma1,2, Emily Brinker3, Christopher R Lea4
1School of Life Sciences and Technology, Tongji University, Shanghai, China.
Frontiers in microbiology
|May 27, 2024
概括
猫便样本采集方法,便环与垃圾箱,不会显著影响肠道微生物组分析. 从垃圾箱收集样本是猫咪微生物组研究的可靠方法.
科学领域:
- 兽医科学 兽医科学 兽医科学
- 微生物组研究 微生物组研究
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 便样本采集对于猫类疾病查和肠道微生物组研究至关重要.
- 两种常见的方法包括便环 (直肠) 和垃圾箱收集 (直接便).
- 每种方法对于不同的研究目标都有独特的优点和缺点.
研究的目的:
- 评估便样本采集方法 (便环与垃圾箱) 对猫肠道微生物组分析的影响.
- 评估对DNA提取,测序产量,微生物组成和多样性的影响.
- 确定每种微生物组研究方法的可靠性.
主要方法:
- 全基因组射击枪元基因组测序是在10只成年猫的便样本上进行的.
- 采集样本使用便循环和垃圾箱方法.
- 分析的重点是DNA产量,宿主/病毒污染,微生物丰富性,基因覆盖率和多样性指标.
主要成果:
- 便循环采集的微生物DNA比垃圾箱方法少 (p=0.004).
- 在宿主/病毒污染,顶级类的相对分类丰度或基因覆盖率方面没有发现显著差异.
- 阿尔法多样性,β多样性和分类识别方法之间没有显著差异.
结论:
- 无论是便循环还是垃圾箱收集方法,都不会显著改变猫咪肠道微生物群体结构.
- 在排便后6小时内直接从垃圾箱中采集猫便样本是微生物组研究的可靠方法.
