通过CRISPR-Cas9介导的宿主信号减少,用于与宿主相关的真核生物的18S元编码
Leah A Owens1, Mary I Thurber2, Tony L Goldberg1
1Department of Pathobiological Sciences, School of Veterinary Medicine, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin, USA.
Molecular ecology resources
|May 28, 2024
概括
这项研究引入了一种CRISPR-Cas9方法,用于减少宿主DNA的元编码,显著改善了临床样本中真核内共生体和寄生虫感染的检测.
科学领域:
- 寄生虫学的寄生虫学
- 微生物生态学 微生物生态学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 超编码推进了与宿主相关的真核生物识别,但面临着丰富的宿主DNA掩盖低丰富性目标的挑战.
- 像血液和组织这样的临床样本在元编码分析中特别容易受到宿主DNA干扰.
研究的目的:
- 开发和验证一种新的CRISPR-Cas9介导方法,用于选择性宿主DNA降低元编码.
- 在临床样本中增强真核内共生体和寄生虫序列的丰富.
主要方法:
- 利用CRISPR-Cas9技术对宿主DNA进行向的安普利康消化.
- 将该方法应用于用于metabarcoding分析的临床样本.
- 与未经处理的样本和标准公布的方法相比,对主机信号的降低效率进行了比较.
主要成果:
- 与没有治疗相比,实现了近76%的宿主信号减少效率.
- 与最常见的公布方法相比,证明主机信号减少效率增加了近60%.
- 能够在以前错过的临床样本中检测寄生虫感染.
结论:
- 开发的CRISPR-Cas9方法有效地减少了宿主DNA干扰在metabarcoding.
- 这种方法在临床环境中显著提高了对真核内生体和寄生虫的检测灵敏度.
- 该技术有可能通过提高诊断能力来彻底改变寄生虫学和微生物生态学.


