WebGestalt 2024:更快的基因组分析和新支持代谢学和多组学
John M Elizarraras1, Yuxing Liao1, Zhiao Shi1
1Lester and Sue Smith Breast Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA.
Nucleic acids research
|May 29, 2024
概括
现在WebGestalt支持代谢学和多omics分析,性能更快. 这次更新通过改进的途径分析和可视化来增强生物数据的解释.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 丰富分析对于解释基因组,转录基因组和蛋白质基因组数据至关重要.
- 扩展到代谢学和需要集成的多omics分析需要工具更新.
研究的目的:
- 更新WebGestalt以进行代谢学丰富分析.
- 加强跨多个omics平台和研究的综合分析.
- 为了提高分析速度和用户体验.
主要方法:
- 纳入了代谢学富化分析.
- 启用了对分析物的多个输入列表的分析.
- 实现了一个Rust后台,以优化性能.
- 更新了路径可视化和数据库内容.
主要成果:
- 在基因组丰富分析时间 (270.64秒到12.41秒) 中实现了95%的减少.
- 减少了89%的基于网络拓的分析时间 (159.59秒到17.31秒).
- 扩展路径,网络和基因签名数据库.
结论:
- 2024年WebGestalt更新显著提升了多omics数据解释.
- 新功能支持代谢学,并提供增强的速度和可视化.
- 该工具可以通过Web,R和一个新的Python包获得.
