通过免疫细胞亚型图书馆辅助的DIA-MS在组织微环境中的增强蛋白质覆盖
Jhih-Ci Yang1, Tzi-Hui Hsu2, Ciao-Syuan Chen3
1Institute of Chemistry, Academia Sinica, Taipei, Taiwan; Sustainable Chemical Science and Technology, Taiwan International Graduate Program, Academia Sinica and National Yang Ming Chiao Tung University, Taipei, Taiwan; Department of Applied Chemistry, National Yang Ming Chiao Tung University, Hsinchu, Taiwan.
研究人员开发了一种使用免疫细胞丰富图书馆的新蛋白质组方法,用于对瘤微环境的敏感分析. 这种方法在小样本中增强了免疫细胞概况,在结直肠癌模型中揭示了免疫抑制机制.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 癌症免疫学 癌症免疫学
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 透瘤的免疫细胞极大地影响癌症的进展和治疗反应.
- 在小型临床样本中分析免疫细胞蛋白质组是具有挑战性的,因为细胞数量和组织数量较低.
- 现有的方法在微观免疫分析的灵敏度和深度方面存在困难.
研究的目的:
- 开发一种高度敏感的蛋白质基因策略,用于微观组织分析.
- 为了在瘤微环境 (TME) 中实现全面的免疫细胞概况.
- 在结肠直肠癌 (CRC) 模型中研究介质淋巴结 (MLNs) 的免疫景观.
主要方法:
- 从小鼠间膜淋巴结 (MLN) 建立了六个免疫细胞亚型特定的光谱库.
- 使用数据独立采集质谱法 (DIA-MS) 与免疫细胞丰富图书馆.
- 将该方法应用于来自小鼠结直肠癌 (CRC) 模型的1μg瘤组织.
主要成果:
- 与直接的DIA相比,免疫细胞丰富图书馆方法将蛋白质定量从6978个蛋白质增加到7419个.
- 成功地绘制了841个与免疫功能相关的蛋白质,并确定了像CD1D1和CD244.4这样的低丰度蛋白质.
- 在CRC模型中特征的MLN,揭示了下调的适应性免疫信号和T细胞分化途径,表明免疫抑制状态.
结论:
- 免疫细胞丰富图书馆辅助的DIA-MS策略提供了深度覆盖和高灵敏度的微观蛋白质基因分析.
- 这种方法有助于在具有挑战性的样本中详细描述免疫场景.
- 这些发现表明,CRC模型的MLN中存在免疫抑制的微环境,为癌症发展机制提供了洞察力.
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