解释突变对废水中SARS-CoV-2的量化影响
Noriko Endo1, Yoshiaki Nihei2,3, Tomonori Fujita2
1Research Center for Environmental Quality Management, Graduate School of Engineering, Kyoto University, 1-2 Yumihama, Otsu, Shiga, 520-0811, Japan. endo.noriko.3p@kyoto-u.ac.jp.
Scientific reports
|May 30, 2024
概括
废水监测试验中的突变可能会低估SARS-CoV-2度. 使用第二衍生物或Cy0方法分析定量PCR (qPCR) 数据可以提高疾病监测的准确性.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 废水监测有效监测社区疾病的传播,包括COVID-19.
- 在废水中使用的定量PCR (qPCR) 试验容易受到基因组突变的影响,与临床监测中的二进制PCR不同.
- 来自日本废水样本的SARS-CoV-2度数据的分歧在2022年7月左右出现.
研究的目的:
- 调查SARS-CoV-2废水监测数据中分歧的原因.
- 为了确定影响qPCR测定精度的特定突变.
- 提出减轻病毒度低估的方法.
主要方法:
- 对临床基因组监测数据的分析.
- 试验验证对qPCR试验的突变影响.
- qPCR数据分析方法的比较 (交叉点,第二导数,Cy0).
主要成果:
- 在N1探针区域的两个特定突变被确定为SARS-CoV-2病毒度低估的原因.
- 在N1和N2 qPCR测定结果的差异与这些突变有关.
- 与交叉点方法相比,第二个衍生和Cy0方法在估计病毒度方面表现出更好的准确性.
结论:
- 在SARS-CoV-2的基因组突变可能会影响废水监测的QPCR测定的准确性.
- 替代的qPCR数据分析方法,如第二导数和Cy0方法,可以减轻由探针区域突变引起的不准确性.
- 精确的废水监测对于有效的公共卫生监测至关重要.
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