全基因组测序识别了意大利遗传视网膜疾病患者遗传未解决的难以捉摸的变异
Roberta Zeuli1, Marianthi Karali2, Suzanne E de Bruijn3
1Medical Genetics, Department of Precision Medicine, University of Campania 'Luigi Vanvitelli', Naples, Italy.
HGG advances
|May 31, 2024
概括
全基因组测序 (WGS) 在33%未解决的遗传视网膜疾病 (IRD) 病例中确定了致病性遗传变异. 这种方法检测了标准遗传检测中遗漏的深层内在和结构变异,改善了罕见单基因眼病的诊断.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 眼科医生 眼科 眼科
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 遗传性视网膜疾病 (IRD) 是一种罕见的,基因多样化的单一性疾病.
- 目前使用下一代测序 (NGS) 的基因诊断实现了~60%的诊断率.
- 全基因组测序 (WGS) 提供了检测标准方法遗漏的变异的潜力,例如深层内在变异 (DIV) 和结构变异 (SV).
研究的目的:
- 评估WGS的诊断效用,以识别未解决的自体复发性IRD病例中的致病变异.
- 检测难以捉摸的遗传变异,包括非编码和结构变异,这些变异在最初的遗传查中错过了.
主要方法:
- 进行全基因组测序 (WGS) 对33名疑似自身逆性IRD患者进行了测序.
- 分析最初侧重于候选基因的非编码区域,这些候选基因具有已识别的单样基因病原体变异.
- 随后,在未被诊断的病例中,对所有与IRD相关的基因进行了SV和DIV的搜索.
主要成果:
- 在33个之前未解决的病例中,有11个 (33.3%) 发现了致病变体.
- 检测到的变体包括三个DIVs (在ABCA4,CEP290,RPGRIP1),一个非正规拼接位 (NCSS) 变体 (在PROM1),和三个SVs (EYS,PCDH15,USH2A中的大型删除).
- 使用RT-PCR的功能验证证实了新型CEP290 DIV和PROM1 NCSS变异的拼接效应.
结论:
- 全基因组测序 (WGS) 显著提高了遗传性视网膜疾病的诊断产量.
- WGS是一种强大的,全面的工具,用于识别复杂的遗传变异,包括DIV和SV,这是传统的NGS方法错过的.
- 这项研究强调了WGS作为罕见遗传眼病的全集诊断测试的临床实用性.
