通过微流Zeno SWATH使用大鼠组织的高通量蛋白质组学和光蛋白质组学
Erin M Humphries1, Dylan Xavier1, Keith Ashman2
1ProCan®, Children's Medical Research Institute, Faculty of Medicine and Health, The University of Sydney, Westmead, New South Wales 2145, Australia.
Journal of proteome research
|May 31, 2024
概括
这项研究通过将微流液体染色学与ZenoTOF结合起来,用于高通量蛋白质组学和光蛋白质组学,从而提高了精密医学. 新方法显著增加了从较小的组织样本中识别蛋白质,缩短了仪器时间.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 高通量组织蛋白质组学对于推进精密医学至关重要.
- 目前的方法在灵敏度和样本输入要求方面存在局限性.
研究的目的:
- 为了研究微流液体染色学和ZenoTOF对DIA (数据独立获取) 蛋白质组和蛋白质组的联合灵敏度.
- 优化从小组织样本中增强蛋白质和蛋白质量测量的方法.
主要方法:
- 使用HEK293T细胞系 (可变窗口大小,MS2积累时间,梯度长度) 的方法优化.
- 使用八个大鼠器官的ZenoTOF 7600与TripleTOF 6600的比较.
- 使用FragPipe (MSFragger-DIA/DIA-NN) 生成光谱参考库.
- 使用微流HPLC和Zeno SWATH对基丰富的分析.
主要成果:
- 与TripleTOF 6600相比,ZenoTOF 7600识别了高达23%的更多蛋白质,样本和仪器时间显著减少,与TripleTOF 6600相比.
- 泽诺SWATH数据库中的碎片离子数量增加了4倍,从而提高了蛋白质的量化.
- 每个器官量化了1000-3000个素前体,证明了浅层的素蛋白组.
- 观察到高可重现性,Pearson相关系数>0.95和CV中位数为20%.
结论:
- 微流HPLC与Zeno SWATH的联合灵敏度使得从有限的组织样本中进行广泛的蛋白质和蛋白质的高通量定量.
- 这种方法对精密医学应用具有重大潜力,需要详细的分子分析.
- 优化的工作流提供了一个强大的工具,用于深度蛋白质和蛋白质分析.
