多中心对临床病毒转基因组学短读和长读湿实验室协议的多中心基准测试
F Xavier Lopez-Labrador1, Michael Huber2, Igor A Sidorov3
1Virology Laboratory, Genomics and Health Area, Center for Public Health Research (FISABIO-Public Health), Generalitat Valenciana, Valencia, Spain; Microbiology & Ecology Department, Medical School, University of Valencia, Spain; and CIBERESP, Instituto de Salud Carlos III, Spain.
概括
这项研究对临床诊断中病毒检测的12个元基因组协议进行了基准测试. 虽然大多数病毒检测高病毒载量,但检测低丰度病毒和混合感染仍然具有挑战性,这凸显了标准化的必要性.
科学领域:
- 临床病毒学 临床病毒学
- 传染病诊断 传染病诊断 传染病诊断
- 下一代测序 (NGS) 是指下一代的测序.
背景情况:
- 转基因组学越来越多地用于传染病诊断.
- 对于临床环境中的病毒检测协议存在有限的比较研究.
研究的目的:
- 为了基准和比较各种元基因组湿实验室协议的病毒检测性能.
- 评估不同协议的敏感性,特异性和定量潜力.
主要方法:
- 使用模拟病毒参考小组模仿低生物质临床标本.
- 评估了12个元基因组协议 (Illumina,纳米孔,猎枪,有针对性的捕获).
- 一个中央生物信息管道评估了绩效指标.
主要成果:
- 所有协议都检测到病毒载量降至10^4拷贝/毫升 (CT 31).
- 较低丰富的病毒 (CT 35+) 被少数协议检测到.
- 在对协议特定值进行优化后,灵敏度在67-100%之间,特异性在87-100%之间.
结论:
- 临床诊断实验室正在使用多种元基因组协议.
- 检测低丰度病毒和混合感染仍然是一个挑战.
- 对临床环境而言,需要对元基因组分析进行标准化.
