使用一种比较方法来评估北美西部的基石物种Artemisia tridentata在双倍化期间的基因组进化
Anthony E Melton1, Stephen J Novak1, Sven Buerki1
1Department of Biological Sciences, Boise State University, Boise, 83725, ID, USA.
在Artemisia tridentata的基因组进化中,发现了复杂的多倍体化和双倍体化事件. 在共同的基因组复制和减少过程之后,发生了种群级别的可转移元素分化.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 进化生物学是进化的生物学.
- 人口遗传学 人口遗传学
背景情况:
- 多倍体化通常跟随着双倍体化,这种过程在现存的双倍体或非模型植物中很少被研究.
- 基石物种Artemisia tridentata具有很大的基因组,存在于二倍体和四倍体细胞型,具有多个四倍体起源和基因组大小缩小.
研究的目的:
- 为了研究Artemisia tridentata的基因组进化.
- 为了比较A. tridentata的基因组与它的双胞胎同胞A. annua.
- 为了测试A. tridentata. 内的多重二倍化事件.
主要方法:
- 一个A. tridentata样本的全基因组再测序.
- 在A. tridentata和A. annua之间进行比较基因组学分析.
- 在三种A. tridentata基因组中进行K-mer分析和双单核酸多态 (SNP) 分布评估.
主要成果:
- 在A. tridentata与A. annua相比,观察到显著的染色体重组,对特定染色体的合成保留.
- A. tridentata 的基因组表现出相似的尺寸,异合性和序列相似性.
- K-mer分析表明了与二倍体,三倍体和四倍体贡献一致的模式,甚至有SNP分布和差异转移元素 (TE) 丰富.
结论:
- 结果表明,在共享的多倍体化到双倍体化事件之后,在人口水平上存在TE分化.
- 这项研究以A. tridentata. 的复杂基因组进化过程为例.
- 这项研究提供了研究非生物应激反应的资源,特别是TE的作用.
更多相关视频
09:32An Array-based Comparative Genomic Hybridization Platform for Efficient Detection of Copy Number Variations in Fast Neutron-induced Medicago truncatula Mutants
Published on: November 8, 2017
09:33An Efficient Method for Quantitative, Single-cell Analysis of Chromatin Modification and Nuclear Architecture in Whole-mount Ovules in Arabidopsis
Published on: June 19, 2014
相关概念视频
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Gene Evolution - Fast or Slow?
In contrast, regions which code...
Gene Duplication and Divergence
The duplicated copies of the gene are called Paralogs. Paralogs with similar sequences and functions form a gene family. Across several species, a large number of gene families are...
Comparing Mitochondrial, Chloroplast, and Prokaryotic Genomes
Overview of Transposition and Recombination
