人类生物分子地图计划 (HuBMAP):3D人类参考地图的构建和使用
Katy Börner1,2, Philip D Blood3, Jonathan C Silverstein4
1Department of Intelligent Systems Engineering, Luddy School of Informatics, Computing, and Engineering, Indiana University, Bloomington, IN, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|June 3, 2024
概括
人类参考地图 (HRA) 提供了人体的全面3D地图,整合了分子和细胞数据. 这个资源有助于理解人类生物学和疾病在多个尺度.
科学领域:
- 生物医学信息学是生物医学信息学.
- 人类解剖学 人类解剖学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 人类生物分子地图计划 (HuBMAP) 计划旨在创建一个健康的成年人体的详细参考地图.
- 现有的人类图谱的数据和工具是分散的,需要一个统一的框架.
研究的目的:
- 描述人类参考地图 (HRA) v2.0,其组件和整合策略.
- 概述支持HRA发展和可访问性的基础设施和方法.
- 详细介绍生物研究中HRA的以用户为中心的功能和应用.
主要方法:
- 开发一个共同的坐标框架 (CCF) 和知识图,用于多尺度的人体结构.
- 通过细胞类型注释工具,抗体面板和空间注册集成实验数据集.
- 建立标准化的实体学,数据格式和统一的分析工作流程.
主要成果:
- 该HRA v2.0版本包括36个器官,4499个解剖结构,1195种细胞类型和2089种生物标志物.
- 该HRA门户网站提供对地图数据,代码和教学材料的开放访问.
- 有多种方法可用于将新的实验数据映射到HRA框架中.
结论:
- 该HRA为了解人类生物学和疾病提供了基础资源.
- 标准化的数据集成和可访问性是推动人类图谱图谱工作的关键.
- 该HRA基础设施支持生物医学研究和发现的各种应用.
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