原生ESI-MS和细菌延长因子-Tu和抗生素恩西洛辛IIa之间的复合体的碰撞诱导展开 (CIU)

科学领域:

• 生物化学 生化学
• 结构生物学 结构生物学
• 质谱测量质量谱测量

背景情况:

• 细菌延长因子EF-Tu对于mRNA翻译和潜在的抗生素点至关重要.
• 蛋白质离子在气相中的稳定性可以使用碰撞诱导展开 (CIU) 来评估.

研究的目的:

• 使用CIU研究细菌延长因子EF-Tu的气相稳定性和结构动力学.
• 评估辅因子模拟物GDPNP和抗生素伊纳西洛辛IIa对EF-Tu的稳定作用.

主要方法:

• EF-Tu蛋白离子的碰撞诱导展开 (CIU) 通过离子移动性质谱法监测.
• 使用特定能量 (480-500 eV) 的原子碰撞进行[M + 12H]¹²⁺ EF-Tu离子的实验展开.
• 对[M + 12H]¹²⁺EF-Tu离子的分子动力学模拟.

主要成果:

• EF-Tu在特定的碰撞能量范围 (40-50 V) 内展开.
• GDPNP和enacyloxin IIa的结合增强了紧的EF-Tu折叠的稳定性.
• 由于解离,在较高的碰撞能量下,伊纳西洛辛IIa的稳定作用下降.
• 分子动力学模拟有质地证实了实验结果.

结论:

• CIU有效地探测了EF-Tu的气相稳定性和结构信息.
• 干结合显著影响EF-Tu的气相结构稳定性.
• 了解EF-Tu与配体复合的稳定性,为设计针对翻译的新型抗生素提供了基础.