利用抗微生物耐药性基因的共同丰富性来识别抗药性基因中潜在的共同选择
Hannah-Marie Martiny1, Patrick Munk1, Christian Brinch1
1Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby, Denmark.
Microbiology spectrum
|June 4, 2024
概括
抗微生物耐药性基因 (ARG) 经常同时发生,特别是在人类和动物样本中. 了解这些共同发生的模式可以帮助预测对关键抗菌素的耐药性,并为监测计划提供信息.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 环境科学 环境科学
背景情况:
- 抗菌素耐药性 (AMR) 是一个全球性的健康威胁.
- 同时出现的抗菌素耐药性基因 (ARG) 可以导致AMR附带效应.
- 识别同时发生的ARG对对于了解AMR传播至关重要.
研究的目的:
- 在元基因组数据中研究ARG丰度之间的相关性.
- 确定ARG的同时发生是否因环境来源而有所不同.
- 评估ARG相关性作为关键重要抗微生物药物 (CIA) 的风险概况的有用性.
主要方法:
- 分析了214,095个元基因组数据集.
- 使用超过6.76 x 10^8的读取碎片对准ARG的推断对应系数.
- 在不同环境来源 (人类,动物,土壤,水) 中比较了ARG相关性.
主要成果:
- 与土壤和水相比,在人类和动物样本中更多的ARG与人相关.
- ARG相关性可以作为对抗CIA的风险概况.
- 发现几种赋予抗CIA耐药性的ARG是共丰富的,四环素ARG显示了广泛的相关性.
结论:
- 根据环境背景,ARG的同时发生模式有很大差异.
- ARG相关性配置文件可以突出CIA的潜在共同选择风险.
- 参与塑造抗体的关键ARG可以被确定为AMR监测的目标.
相关概念视频
00:57Antibiotic Selection
53.1K
Overview
53.1K
03:21Genome Size and the Evolution of New Genes
7.9K
While every living organism has a genome of some kind (be it RNA, or DNA), there is considerable variation in the sizes of these blueprints. One major factor that impacts genome size is whether the organism is prokaryotic or eukaryotic. In prokaryotes, the genome contains little to no non-coding sequence, such that genes are tightly clustered in groups or operons sequentially along the chromosome. Conversely, the genes in eukaryotes are punctuated by long stretches of non-coding sequence.
7.9K