整洁-直接到MS:一个开源数据处理管道,用于基于质谱的直接新陈代谢实验

科学领域:

• 分析化学 分析化学
• 生物化学 生物化学
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 直接对质谱 (MS) 和环境电离技术提供了快速的生物化学指纹.
• 目前的数据处理在很大程度上依赖于特定供应商的软件,限制了灵活性和可访问性.
• 非定向的代谢学研究需要强大的和用户友好的数据分析工具.

研究的目的:

• 开发和引入Tidy-Direct-to-MS,这是一个新的开源软件,用于处理直接到MS的数据.
• 为生物化学指纹和代谢学数据分析提供一个用户友好的平台.
• 提高环境MS研究数据处理的效率和准确性.

主要方法:

• 开发Tidy-Direct-to-MS作为一个基于Python的库 (TidyMS的一部分).
• 实施模块用于检测样本位置,m/z漂移校正,共识光谱计算和特征丰度确定.
• 自动参数优化,最大限度地提高特征检测和验证参考特征.

主要成果:

• Tidy-Direct-to-MS可以快速和用户友好的处理直接到MS的数据集.
• 该工具促进了参数的自动比较,以优化特征检测.
• 在使用实时质谱仪 (TM-DART-MS) 直接分析传输模式的海洋代谢学研究中证明了实用性.

结论:

• Tidy-Direct-to-MS简化和增强了针对非目标环境MS的代谢学工作流程.
• 该工具的开源性质使其易于扩展和集成.
• 这种功能有助于数据质量审查和随后的分析,提高研究可重复性.