出版,资助和实验数据以支持人类参考图谱的构建和使用
Yongxin Kong1,2, Katy Börner3
1Department of Intelligent Systems Engineering, Luddy School of Informatics, Computing, and Engineering, Indiana University, Bloomington, IN, 47408, USA. yokong@iu.edu.
Scientific data
|June 4, 2024
概括
一个新的数据集,HRAlit,整合了专家知识,出版物和实验数据,以支持人类参考图谱 (HRA) 细胞映射项目. 这个资源可以有效地交叉搜索HRA组件和相关的科学信息.
科学领域:
- 人类生物学 人类生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 数据科学是数据科学.
背景情况:
- 人类参考地图 (HRA) 旨在绘制人体所有细胞的地图.
- 对于HRA施工的现有数据来源分散在专家,出版物和实验数据上.
- 目前的数据方案阻碍了HRA开发的有效交叉搜索和集成.
研究的目的:
- 为了编制一个全面的数据集,HRAlit将HRA数字对象与相关的科学信息联系起来.
- 通过改进数据可访问性和可搜索性来促进系统的HRA构建和使用.
主要方法:
- 汇编了HRAlit数据集,整合了HRA v1.4数字对象 (器官,结构,细胞类型,生物标志物).
- 将HRA对象与专家,出版物,资助项目和实验数据集的广泛记录联系起来.
- 结构化HRA在22个表中包含数以百万计的记录和关系.
主要成果:
- HRAlit将136个HRA v1.4数字对象与超过58.3万名专家,700万份出版物,近90万个资助项目和1800个实验数据集联系起来.
- 数据集包括22个表,超过2000万条记录和1300万个关系.
- HRAlit提供了一个统一的资源,用于探索与HRA相关的科学知识.
结论:
- HRAlit使领先的专家,关键出版物,融资趋势和本体统一的高效挖矿成为可能.
- 这一集成的数据集支持人类参考图谱的系统构建和使用.
- HRAlit是推进人类细胞测绘计划的宝贵资源.
