微阵列数据集的综合生物信息分析,以确定莱什曼病中的生物标志物和基于miRNA的监管网络
Amir Savardashtaki1,2, Shayan Khalili Alashti1,3, Asma Vafadar1,4
1Department of Medical Biotechnology, School of Advanced Medical Sciences and Technologies, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran.
Scientific reports
|June 5, 2024
概括
这项研究确定了参与莱什曼病感染的关键基因和微RNA (miRNA). 这些生物标志物,包括TNF和特定的miRNAs,显示出诊断和治疗这种寄生虫疾病的潜力.
科学领域:
- 寄生虫学和免疫学
- 生物信息学和计算生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 莱什马尼亚物种引起莱什马尼亚病,这种疾病具有多样化的宿主细胞反应.
- 微RNA (miRNA) 及其网络与宿主-寄生虫相互作用有关.
- 识别共享的生物标志物对于理解和管理莱什曼病至关重要.
研究的目的:
- 通过生物信息分析,确定共享的生物标志物和基于miRNA的莱什曼病监管网络.
- 发现莱什曼病的潜在诊断和预后标志物.
- 探索与寄生虫感染相关的miRNA基因相互作用.
主要方法:
- 微阵列数据集的转录组分析,将健康对照组与感染莱什马尼亚 (L. mexicana,L. major,L. donovani,L. braziliensis) 个体进行比较.
- 使用EnrichR和蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络构建的丰富分析以确定枢纽基因.
- 使用接收器操作特征 (ROC) 曲线评估预后值,并通过miRTarBase,miRWalk,TargetScan和miRNet.Net识别相互作用的miRNA.
主要成果:
- 不同表达的基因在炎症和免疫反应途径中显著丰富.
- 包括TNF,SOCS3,JUN,TNFAIP3和CXCL9在内的枢纽基因被确定为潜在的感染和预后生物标志物.
- 几种miRNAs (例如hsa-miR-8085,hsa-miR-4673) 与已识别的枢纽基因显著相互作用.
结论:
- 已识别的枢纽基因和miRNAs代表了潜在的治疗标和莱什曼病管理的生物标志物.
- TNF,SOCS3,JUN,TNFAIP3和CXCL9可以作为莱什曼病的有价值的生物标志物.
- 与这些枢纽基因相互作用的特定miRNAs在寄生虫感染后起着至关重要的作用.
