快速AIM 2.0:一种高通量试验,用于研究人类肠道微生物组对异生菌的功能反应
Leyuan Li1, Janice Mayne1, Adrian Beltran2,1
1Authors contributed equally.
Microbiome research reports
|June 6, 2024
概括
我们开发了RapidAIM 2.0,这是一种分析个体肠道微生物组及其对化合物的反应的高通量方法. 这一进步加速了药物发现和微生物组与药物相互作用的研究.
科学领域:
- 微生物组研究的研究.
- 甲型蛋白质组学是什么意思
- 药物发现 药物发现
背景情况:
- 肠道微生物组的功能受到外部因素的影响.
- 了解微生物组与药物相互作用对于药物发现至关重要.
- 像RapidAIM这样的先前方法提供了洞察力,但缺乏高吞吐量能力.
研究的目的:
- 通过自动化和多重化来增强RapidAIM协议,用于高吞吐量分析.
- 创建一个可扩展的平台,研究个体肠道微生物对异生菌和生物因素的反应.
主要方法:
- 自动化蛋白质分析和双重质量标签 (TMT) 多重复合被集成到RapidAIM.
- 增强的协议 (RapidAIM 2.0) 通过在生物银行存储的人类肠道微生物组上使用 prebiotic kestose 进行了验证.
- 详细描述了样本采集,生物银行,培养,刺激,加工和metaproteomics的详细程序.
主要成果:
- 在RapidAIM 2.0中,每个多重化样本的深度为5,014±142个蛋白质组.
- 该协议表明,不同生物银行方法对微生物群功能反应的影响最小.
- 320个样本的培养和样本准备工作在六天内完成.
结论:
- 快速AIM 2.0提供与手动metaproteomics相比较的深度和可重复性.
- 快速AIM 2.0的高通量性质显著加速了微生物组与化合物相互作用的分析.
- 这一进步有助于更深入地了解外部因素如何影响肠道微生物组的内部生态.


