使用HDX-cIMS进行膜蛋白分析的MSE碰撞能量优化
Juan Pablo Rincon Pabon1,2, Zulaikha Akbar1,2, Argyris Politis1,2
1Faculty of Biology, Medicine and Health, Division of Molecular and Cellular Function, The University of Manchester, Manchester M13 9PT, U.K.
概括
在/交换质谱法 (HDX-MS) 中优化碰撞能量坡道对于膜蛋白分析至关重要. 不同的坡道产生独特的集,因此汇集结果最大限度地提高了结构蛋白质组学中的蛋白质序列覆盖率.
科学领域:
- 结构蛋白质组学 结构蛋白质组学
- 生物物理特性表征
- 质谱技术的质谱技术.
背景情况:
- /交换质谱 (HDX-MS) 对结构蛋白质组学至关重要.
- 使用HDX-MS合离子移动性分离 (IMS) 提高了复杂系统的应用性和数据质量.
- 在HDX-MS工作流程中的初步步骤包括确认非化蛋白质的序列和保留时间.
研究的目的:
- 为了优化碰撞能量 (CE) 道设置用于膜蛋白分析中的HDMSE实验.
- 为了评估不同CE坡道对的识别和序列覆盖的影响.
- 为使用cIMS.提供建议,以最大限度地提高HDX-MS工作流中的标识.
主要方法:
- 在 HDMSE实验中使用了 Waters SELECT SERIES cIMS-QTOF 系统.
- 采用酸化酶B,XylE载体和光滑受体 (SMO) 作为模型膜蛋白.
- 在HDX工作流程中优化和比较各种碰撞能量坡道 (例如10-50 eV).
主要成果:
- 一个10-50 eV的碰撞能量坡道确定了酸B,XylE和SMO的酸的数量最多.
- 发现最佳的CE坡道是蛋白质特异性的,不同的坡道产生不同的集.
- 选择合适的CE坡道显著改变了蛋白质序列覆盖率,范围从4%到94%.
结论:
- 建议在HDMSE实验中汇集多个CE坡道的结果,以进行全面的标识.
- 在膜蛋白的HDX-MS研究中,CE坡道优化对于最大限度地覆盖序列至关重要.
- 这些发现为cIMS合的HDX-MS系统的用户提供了实际指导.
