在酵母中的单个残留分辨率下进行交互原子网络重新连接的结构引导进化分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 进化生物学 进化生物学
• 结构生物学 结构生物学

背景情况:

• 蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 是细胞过程的基础.
• PPI网络经历了广泛的进化重新布线,导致了特定物种的分子功能.
• 驱动互原子网络变化的进化机制仍然不太清楚.

研究的目的:

• 研究PPI网络重新布线的分子进化机制.
• 为了比较PPI接口与非接口残留的演变.
• 确定研究PPI的适当的进化速率指标.

主要方法:

• 使用PPI数据和结构信息,构建了Saccharomyces cerevisiae和Schizosaccharomyces pombe的结构解析互动组网络.
• 将PPI分类为保存或在两个酵母菌种之间重新连接的.
• 通过使用谱系特异性和非谱系特异性措施,比较了界面和非界面残留物的特定地点演变速率.

主要成果:

• 界面残留物在使用谱系特定的进化速率时,进化速度明显慢于非界面残留物.
• 谱系特异性率对于区分重新连接的PPI中的接口残留物至关重要.
• 这两种速率指标都适用于非接口残留物和保存的PPI.

结论:

• PPI及其接口表现出高度的进化波动性,与单一蛋白质三级结构不同.
• 为了准确分析PPI演变,需要特定于血统的进化速率测量.
• 这项研究提供了有关PPI及其重新布线的进化原理的见解.