分隔式CRISPR反应 (CCR) 用于高通量选指导RNA功率和特异性的高通量选
Tinku Supakar1, Ashley Herring-Nicholas1, Eric A Josephs1
1Department of Nanoscience, Joint School of Nanoscience and Nanoengineering, University of North Carolina at Greensboro, Greensboro, NC, 27401, USA.
Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
|June 6, 2024
概括
分隔式CRISPR反应 (CCR) 能够快速在体外选用于CRISPR-Cas9基因编辑的指导RNA (gRNA) 变异. 这种方法有效验证gRNA活动和特异性,简化了研究应用.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 克里斯普尔核糖蛋白 (RNPs) 使用导向RNA (gRNA) 间隔器来指导核酶活性,用于向的DNA突变.
- 预测gRNA间隔器序列依赖的核酶活性和非目标效应仍然具有挑战性.
- 在CRISPR应用中,单个gRNA的体外验证是必要的,但耗时的步骤.
研究的目的:
- 开发一种方法,用于同时在体外查众多的CRISPR效应器活性和特异性组合.
- 为了验证gRNA性能的计算预测.
- 为了简化生物和生物医学研究gRNAs的生成和验证.
主要方法:
- 使用油中的水微乳液开发分隔式CRISPR反应 (CCR).
- 将完整的CRISPR反应 (gRNA转录,RNP形成,目标裂变) 限制在单个微乳液中.
- 在并行选大量的间隔器/目标/非目标组合.
主要成果:
- 在体外,CCR可以同时查CRISPR效应因子的活性和特异性.
- 证明了成千上万种扩展的gRNA (x-gRNA) 变体的选.
- 确定了维持高目标活动的x-gRNA,同时阻断目标外裂变.
结论:
- 分区CRISPR反应 (CCR) 为高通量gRNA验证提供了一个有效的平台.
- CCR显著加速了gRNA生成和验证管道.
- 预计这种方法将有利于生物和生物医学研究中的多种应用.
