溢出R:在质细胞计数据中的溢出补偿
Marco Guazzini1, Alexander G Reisach2, Sebastian Weichwald3
1Department of Advanced Computing Sciences, Maastricht University, Maastricht, The Netherlands.
Bioinformatics (Oxford, England)
|June 7, 2024
概括
这项研究介绍了 spillR,这是一个用于在质量细胞计学中进行溢出纠正的R包. 它准确地补偿蛋白质标记信号溢出,而不会引入偏差,提高数据可靠性.
科学领域:
- 质量细胞计量 (Mass cytometry) 是一种测量质量细胞的方法.
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 生物统计学 生物统计学
背景情况:
- 质量细胞计使细胞标记物的高维分析成为可能.
- 频道干扰会导致溢出,导致蛋白质标记数不准确.
- 现有的方法使用矩阵估计溢出影响,这可能引入偏差.
研究的目的:
- 开发一种新的方法,用于在质量细胞计学中进行溢出补偿.
- 为了绕过溢出矩阵估计的需要.
- 为了提高质细胞计数据分析的准确性和可靠性.
主要方法:
- 开发了一个非参数的有限混合模型,以直接从珠子分布中估计溢出概率.
- 在R包 spillR中使用预期最大化实现了方法.
- 在模拟,半模拟和真实质量细胞计数据上验证了方法.
主要成果:
- 溢出R包精确地补偿了低蛋白质标记物计数.
- 该方法避免引入负数或过度补偿高数.
- 生物学上有意义的标记物之间的相关性被保留.
结论:
- 溢出R套件提供了一种灵活而准确的替代方案,用于在质量细胞计学中进行溢出纠正.
- 这种方法减少了下游分析中的潜在偏差.
- R包 spillR 在 Bioconductor 上可供更广泛使用.
