在COVID-19生物标记中的长非编码RNA:基于机器学习的方法
Raheleh Heydari1, Mohammad Javad Tavassolifar1, Sara Fayazzadeh2
1Basic and Molecular Epidemiology of Gastrointestinal Disorders Research Center, Research Institute for Gastroenterology and Liver Diseases, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran.
Virology journal
|June 7, 2024
概括
在COVID-19患者中,有三种长非编码RNA (lncRNA) 过度表达,与炎症和纤维化标志物相关. CRNDE和H19 lncRNAs的组合显示出作为COVID-19诊断生物标志物的潜力.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 由于COVID-19的流行,全球的死亡率和发病率显著.
- 关于长非编码RNAs (lncRNAs) 在COVID-19病变发生过程中的作用的数据有限.
- 这项研究调查了三种特定的lncRNAs (H19,TUG1,CRNDE) 与COVID-19患者的炎症和纤维化有关.
研究的目的:
- 在COVID-19患者中阐明H19,TUG1和CRNDE lncRNA与关键炎症/纤维化因素 (STAT3,α-SMA,TNF-α,IL-6) 之间的关系.
- 评估这些lncRNAs在区分COVID-19患者和健康个体中的诊断潜力.
主要方法:
- 从28名COVID-19患者和17名健康对照组中收集了外周血液单核细胞.
- 利用实时定量PCR (RT-qPCR) 和西式涂抹来测量RNA和蛋白质表达.
- 使用机器学习和ROC曲线分析来评估诊断能力.
主要成果:
- 与对照组相比,H19,TUG1和CRNDE在COVID-19患者中显著过度表达.
- 患者的转录和蛋白质水平上增加了STAT3和α-SMA表达,并与三个lncRNA相关联.
- 在COVID-19患者中,IL-6和TNF-α也被上调.
- 一个CRNDE-H19小组显示显著的能力,以区分COVID-19患者 (AUC=0.86).
结论:
- 在COVID-19患者中过度表达的lncRNAs可能会导致疾病的表现.
- 与STAT3和α-SMA的共同表达表明lncRNAs在COVID-19相关的炎症和纤维化中的作用.
- CRNDE-H19组合作为COVID-19查和诊断的有希望的生物标志物.
- 对lncRNA的进一步研究可以确定病毒感染的新治疗点.
