量化16S rRNA基因测序中的变异在人类微生物组研究中运行
Andrew J Hoisington1,2,3,4, Christopher E Stamper5,6,7, Joseph C Ellis8
1Veterans Health Administration, Rocky Mountain Mental Illness Research Education and Clinical Center (MIRECC) for Veteran Suicide Prevention, Rocky Mountain Regional Veterans Affairs Medical Center (RMRVAMC), Aurora, CO, USA. andrew.hoisington@va.gov.
Applied microbiology and biotechnology
|June 8, 2024
概括
测序近1000个样本显示,虽然人类微生物组研究中的技术变异是强大的,但较低的DNA度增加了这种变异. 在测序过程中,生物变异明显超过了技术变异.
科学领域:
- 微生物组研究 微生物组研究
- 基因组测序是指基因组的测序.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 人类微生物组研究越来越多地涉及大样本大小和多项研究分析.
- 测序的局限性可能导致样本分布在多个运行中,可能引入技术变化.
- 标准化操作程序对于管理大规模微生物组研究中的变异至关重要.
研究的目的:
- 评估16S rRNA基因测序在不同样本类型 (便,口腔) 和测序运行中的技术变异.
- 为了比较人类微生物样本的技术变异与生物变异.
- 评估DNA度对测序可重现性的影响.
主要方法:
- 从便和口腔样本中测序了近1000个16S rRNA基因序列,包括阳性对照.
- 在18次测序运行中,在相同的标准操作程序下处理的样品的分析.
- 使用模拟社区和人类阳性对照对准度和精度的评估.
主要成果:
- 模拟社区的准确性低于精确性;正控显示出强大的精确性.
- 在稳定便样本中,技术变化最低,其次是便拭子,然后是口腔拭子.
- 较高的DNA度与较低的技术变异和基因级变异系数相关.
- 在不同样本类型和地点的技术变化明显小于生物变化.
结论:
- 在微生物组测序中,DNA度是可再生性的关键因素,特别是在低生物质样本中.
- 积极控制对于验证序列运行的准确性和精度至关重要.
- 生物变异对总体变异的贡献较大,而不是测序运行引入的技术变异.
