癌症研究中的空间转录学和潜在的临床影响:叙述性审查

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 空间转录学 (ST) 揭示了瘤微环境 (TME) 中的基因表达.
• 目前的临床瘤测序 (例如,下一代测序) 缺乏空间上下文,限制了对瘤异质性的理解.
• ST保留了空间信息,对于捕捉瘤多焦点性和异质性至关重要.

研究的目的:

• 审查精确瘤学和当前的临床瘤测序实践.
• 总结现有的空间转录学研究方法.
• 分析目前在固体瘤中的ST文献,并讨论癌症患者未来的临床应用.

主要方法:

• 精确瘤学和临床瘤测序的叙事综述.
• 空间转录学技术的审查:seqFISH,MERFISH,CosMx SMI,Xenium,Visium,立体-seq,以及GeoMx DSP. 这三种类型的数据传输技术是最重要的.
• 对ST研究的系统文献综述,重点关注实体瘤.

主要成果:

• ST为基因表达提供空间上下文,改善对TME的理解.
• 各种ST平台为分析组织水平基因表达提供了不同的功能.
• 目前的ST文献显示了癌症转移,预后和免疫治疗反应中的应用.

结论:

• 空间转录组学代表了癌症研究中的大量测序的重大进步.
• 科技技术正在迅速发展,在精密瘤学中临床应用的潜力越来越大.
• 将ST纳入临床实践有望通过对个体瘤的更细致的理解来改善患者的治疗结果.