开源生物信息管道改善PMS2基因测试使用短读NGS数据
Elisabet Munté1, Lídia Feliubadaló2, Jesús Del Valle2
1Hereditary Cancer Program, Catalan Institute of Oncology, L'Hospitalet de Llobregat, Spain; Hereditary Cancer Group, Molecular Mechanisms and Experimental Therapy in Oncology Program, Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge, L'Hospitalet de Llobregat, Spain.
The Journal of molecular diagnostics : JMD
|June 8, 2024
概括
准确的PMS2基因测序对于不匹配的修复缺陷癌症是具有挑战性的,因为伪基因. 一个精细的生物信息学管道改善了变体检测,使遗传性癌症患者中致病性PMS2变体的估计患病率增加了一倍.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 对不匹配修复缺陷癌症综合征的分子诊断受到PMS2基因测序方面的挑战的阻碍,主要是由于PMS2CL伪基因.
- 标准的下一代测序管道在短读数的明确映射方面扎,影响PMS2的变量调用精度.
研究的目的:
- 为准确的PMS2突变分析开发精细的生物信息学管道.
- 在未经选择的遗传癌症队列中确定PMS2生殖系致病变体的流行率.
主要方法:
- 优化了PMS2突变分析,使用两个队列:192名未经选择的遗传性癌症患者和13个已知PMS2变异样本.
- 开发了一条精细的管道,迫使读取对准PMS2参考,对exon 11进行特定处理.
- 在40名患者中验证了管道,并选了5619名遗传性癌症患者.
主要成果:
- 在验证队列中,精制的PMS2_vaR管道显示了与常规管道 (0.853) 相比的技术灵敏度增加 (0.956).
- 管道成功识别了以前检测到的所有PMS2病原变异.
- 15名遗传性癌症患者 (0.285%) 携带了致病性PMS2变体,这表明在一般人群中患病率翻了一番.
结论:
- 精细的开源生物信息学方法显著提高了PMS2突变分析的准确性.
- 这种增强的管道可以集成到常规的下一代测序工作流程中,以简化PMS2选.
- 该研究在遗传性癌症患者中发现了致病性PMS2变异的更高患病率,影响了遗传咨询和临床管理.
